Nella seconda metà del XV secolo è attestata la presenza della chiesa della confraternita di San Giovanni Decollato in Bergoglio, sebbene la compagnia fosse già esistente da due secoli. Ad essa era affidato il pietoso ufficio di assistere i condannati a morte nelle dodici ore precedenti l’esecuzione e dar loro sepoltura nella propria chiesa. L’uso di inumare i giustiziati in San Giovanni Decollato rimase in vigore fino al 1853. Durante il periodo del governo spagnolo, la confraternita aveva il privilegio di grazia, ossia una volta all’anno poteva ottenere la liberazione di un prigioniero. Un privilegio che fu soppresso dai Savoia.
La confraternita, inoltre, distribuiva una volta all’anno pane ai poveri.
Quando fu abolita la pena capitale nel 1889, per la confraternita cessò la ragione di esistere e nel 1909 furono avviate le pratiche per la sua trasformazione e concentrazione nella locale Congregazione di Carità.
